Barthold Kuijken est né en 1949; il a grandi dans un environnement où la musique tenait déjà beaucoup de place: deux de ses frères aînés étudiaient la musique et étaient passionnés de musique ancienne.

A son tour il a commencé des études de flûte traversière à Bruges et les a poursuivies aux Conservatoires de Bruxelles et de La Haye; pendant ce temps il jouait la musique ancienne le plus souvent à la flûte à bec. Par une heureuse coïncidence il a pu trouver une excellente flûte traversière baroque originale. A l’aide de celle-ci, et en étudiant d’autres instruments conservés dans de nombreux musées et collections privées, ainsi qu’en consultant les sources écrites des 17ième et 18ième siècles, il s’est spécialisé en autodidacte dans l’interprétation de la musique ancienne sur instruments originaux.

Comme flûtiste « moderne » il a participé très souvent aux concerts d’avant-garde de l’ensemble « Musiques nouvelles » de Bruxelles. Bientôt il a commencé à jouer avec ses frères Wieland (viole de gambe et violoncelle) et Sigiswald (violon), avec Paul Dombrecht (hautbois baroque), René Jacobs (contreténor) et les clavecinistes Robert Kohnen et Gustav Leonhardt, plus récemment également Bob van Asperen et Ewald Demeyere. Il est flûtiste dans l’orchestre baroque « La petite Bande » et donne des concerts de musique de chambre partout dans le monde. Depuis 1986 il s’intéresse de plus en plus à la direction d’orchestre. Comme flûtiste il a enregistré beaucoup d’œuvres-clés du répertoire baroque et classique.

Il est souvent demandé comme membre du jury dans les concours internationaux ou pour des masterclass de musique ancienne. Il est professeur de flûte baroque aux Conservatoires Royaux de Bruxelles et de La Haye, où il a formé un grand nombre d’excellents jeunes flûtistes.